Para avanzar en la concreción de sus objetivos orgánicos y políticos, la Mesa Transfronteriza ha definido una estructura de trabajo binacional que permite el desarrollo de iniciativas y propuestas transfronterizas que articulan a sus capítulos locales: Capítulo Mexicano y Capítulo Guatemalteco.

Sus órganos de coordinación y trabajo son los siguientes:

  • Asamblea: Es el órgano principal de toma de decisiones que sesiona durante los Encuentros de Articulación.

  • Coordinación General: Está conformada por dos organizaciones de Chiapas, México y dos organizaciones de Guatemala, que asumen el servicio durante dos años y es electa en Asamblea durante los Encuentros de Articulación.

  • Administración General: Asumida por alguna de las cuatro organizaciones que integran la Coordinación General, para coordinar la gestión financiera, administrativa y contable de la Mesa.

  • Comisiones Transfronterizas: Las comisiones transfronterizas están integradas por al menos una organización de México y una de Guatemala. Hay cuatro comisiones permanentes y se conforman comisiones temporales de acuerdo a las necesidades de la Mesa:

  1. Formación
  2. Incidencia Política
  3. Comunicación
  4. Documentación