Para avanzar en la concreción de sus objetivos orgánicos y políticos, la Mesa Transfronteriza ha definido una estructura de trabajo binacional que permite el desarrollo de iniciativas y propuestas transfronterizas que articulan a sus capítulos locales: Capítulo Mexicano y Capítulo Guatemalteco.
Sus órganos de coordinación y trabajo son los siguientes:
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Asamblea: Es el órgano principal de toma de decisiones que sesiona durante los Encuentros de Articulación.
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Coordinación General: Está conformada por dos organizaciones de Chiapas, México y dos organizaciones de Guatemala, que asumen el servicio durante dos años y es electa en Asamblea durante los Encuentros de Articulación.
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Administración General: Asumida por alguna de las cuatro organizaciones que integran la Coordinación General, para coordinar la gestión financiera, administrativa y contable de la Mesa.
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Comisiones Transfronterizas: Las comisiones transfronterizas están integradas por al menos una organización de México y una de Guatemala. Hay cuatro comisiones permanentes y se conforman comisiones temporales de acuerdo a las necesidades de la Mesa:
- Formación
- Incidencia Política
- Comunicación
- Documentación
